Direktorat Perpustakaan UII memiliki dua area untuk layanan sirkulasi koleksi, yaitu di Lantai UG dan Lantai 1. Di sini pemustaka bisa melakukan kegiatan yang terkait dengan peminjaman dan pengembalian buku, serta pembayaran denda atas adanya keterlambatan pengembalian maupun menghilangkan koleksi perpustakaan. Layanan Sirkulasi di Direktorat Perpustakaan UII sudah dijalankan secara otomasi dengan menggunakan program SIMPUS UII yang terintegrasi dengan sistem RFID, sehingga pelayanan kepada pemustaka bisa dilakukan dengan cepat dan efektif.